Hiện nay thơ văn của Phan Đình Phùng chỉ mới sưu tầm được một số bài.

• Câu đối: Điếu Lê Ninh, Khóc Cao Thắng
• Thơ: Đáp hữu nhân ký thi, Thắng trận hậu cảm tác, Kiến nguy binh thi cảm tác, Phúc đáp Hoàng Cao Khải, Lâm chung thời tác...
• Thư: kính ký Hoàng Cao Khải thư
• Sử địa: Việt sử địa dư (越史地輿): Sách viết bằng Hán văn, hoàn thành năm Kiến Phúc thứ nhất (Tây lịch năm 1883), hiện chỉ còn một bản viết tay. Sách được dịch sang tiếng Việt và xuất bản lần đầu tiên năm 2008. Nguyễn Hữu Mùi dịch và chú giải, Chương Thâu viết lời dẫn.[9][10]